同年5月，科技部發布戰略性科技創新合作重點專項（內地與香港聯合資助研發項目）評審結果，全國共資助25項，深圳先進院獲批6項，占比近四分之一。深圳先進院與港澳機構的科技創新交流合作優勢凸顯。
深圳先進院與香港中文大學、香港大學、香港科技大學、香港理工大學組成的10個聯合研究團隊，聚焦科學前沿和國家的重大戰略需求，圍繞人工智能、生物材料、高性能計算技術、中醫藥、生物醫工、腦科學等領域的前沿問題和重大關鍵技術，充分發揮內地與港澳的科技創新互補優勢，以期在基於高效血漿蛋白質組學分析的阿爾茨海默症分子干預策略研究、跨尺度多參量光聲快速成像精準識別腫瘤邊界等內容展開聯合探索、研究、攻關。
深圳先進院是中國科學院與境外（香港）共建的第一個新型科研機構，建設15年來，利用與香港中文大學的共建和港澳的毗鄰優勢，吸引了12位香港教授在先進院牽頭建設研究中心，並與香港中文大學、香港大學、香港科技大學、香港理工大學、香港城市大學、香港浸會大學、澳門大學、澳門科技大學共建了8個聯合實驗室，多領域的展開科研、教育、產業化等全面合作，暢通跨境科創要素流通，建立了行之有效的體制機制合作模式，共計合作發表論文3503篇，在先進院由香港教授牽頭或合作的科研項目200餘項，總經費超3億元，有效地助力了先進院地快速發展，輻射與全球科技創新網絡的有效銜接，打造粵港澳合作的科教樞紐平台和典型示範。
未來，深圳先進院將加強學科布局和關鍵問題的梳理，繼續拓展和深化與港澳機構的人員交流、科學研究、聯合培養、轉移轉化等合作，柔性協同香港創新院在大灣區的發展，助力粵港澳大灣區國家綜合性科學中心的建設和雙區的發展。
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